舰队分配是无尽的拉格朗日中决定战斗效率的核心机制，合理的编组需要兼顾舰船定位、移动速度、指挥值分配以及战场环境等多重因素。根据舰船功能可分为前排能扛能打型、前排肉盾型、前排输出型、中排高攻型、后排高攻型等类别，每类舰船在舰队中承担不同职责。移动速度是常被忽视但至关重要的属性，舰队整体速度由最慢的舰船决定，直接影响战术执行效率。
主力舰队应配置6艘以上能扛能打型前排舰船，例如奇美拉或066型巡洋舰，确保形成互相掩护的防御体系。中后排优先选择永恒风暴、红宝石离子炮型等高攻巡洋舰，若指挥值有剩余可补充光锥级防空舰。输出舰队则需完全放弃防御属性，集中配置艾奥级、斗牛级等高攻高速舰船，利用游戏接战规则实现无损输出。高速拆家舰队以诺玛M470和云海级为核心，搭配FG3000等高速护卫舰，专门针对敌方采矿平台和前哨站实施游击战术。
舰船站位分为前中后排三个位置，敌方会优先攻击前排目标。防御型舰船必须部署在前排吸收伤害，中后排放置输出和支援单位。需要注意的是部分高攻舰船如艾奥级虽定位为前排，但实际生存能力较弱，需搭配奇美拉等传统前排共同编组。武器攻击序列也影响站位策略，例如面对斗牛级为主的敌人时，可针对性部署红宝石级并减少驱逐舰数量。
防空舰船通常编入输出舰队应对敌方航母，但主力舰队防空不足时也可调入。攻城舰船独立编组为高速机动部队，专门破坏敌方建筑设施。维修船在游戏后期作用有限，其治疗量难以抵消现代舰队的爆发伤害，多数情况下不如替换为输出单位。航母等大型舰船建议通过增援方式加入战场，避免占用基础指挥值影响舰队机动性。
指挥值分配需要严格规划，九级基地400指挥值为当前上限。主力舰队建议投入320-360指挥值，保留部分空间用于战术增援。输出舰队指挥值集中在200-250区间，确保高速特性不被拖累。实际作战中应避免两支舰队同时接敌，通过移动速度差实现包夹战术，使输出舰队能绕过敌方前排直接攻击脆弱单位。舰队命名也具有战术价值，可采用误导性名称迷惑对手。
