口袋妖怪火红二周目通关阵容的合理性取决于属性平衡、技能覆盖面和战术适配性。二周目敌方训练家等级提升且阵容多样化，单一强力精灵难以应对所有挑战。核心原则是构建覆盖多种属性的队伍，每只精灵应专注于特定领域如物攻、特攻或辅助。典型阵容需包含水箭龟、妙蛙花等初始精灵进化形态，搭配电击兽补充电系打击面，钢铁属性的大钢蛇提供防御支撑，暴鲤龙兼顾水系与飞行系优势，妖火红狐则补充幽灵系特殊攻击能力。
二周目开启后需优先完成七岛任务链获取关键道具。在灯火山取得红宝石后，队伍应具备应对火箭队余党的能力，推荐使用地面系克制电系敌人。前往五岛仓库时需准备格斗系精灵应对敌方恶属性成员。不归洞穴等迷宫地形中，碎岩、攀瀑等秘传技能需提前分配，避免因技能限制导致探索受阻。阵容中至少保留一只高速精灵用于先手控制，雷丘或电击兽是不错选择。
针对四大天王的重战阵容，冰系天王需火系主攻手配合钢系防御；格斗天王优先使用飞行系与超能系克制；毒系天王用地面与超能属性应对；龙系天王则依赖冰系技能与龙系内战。队伍中妙蛙花的睡眠粉与霸王花的麻痹粉能有效控制战场节奏，水箭龟的冲浪与冰冻光束形成双本系打击。暴鲤龙的龙舞强化后可实现推队效果，但需注意规避电系弱点。
后期捕捉三圣鸟与超梦时，阵容需保持状态完整。闪电鸟建议使用地面系精灵无伤捕获，急冻鸟用钢系抵抗冰系技能，火焰鸟则准备水系主攻手。超梦洞穴需携带能够承受精神干扰的恶系精灵，同时准备足够的高级球与状态异常道具。训练师塔挑战要求队伍具备全面联防能力，避免被特定属性组合针对。
通关后继续优化阵容时，可考虑替换部分初始精灵为传说精灵。但需注意过度依赖神兽会降低战术多样性，合理搭配普通精灵与传说精灵才能保持战斗平衡。最终队伍应能应对游戏内所有战斗场景，包括随机训练师对战与设施挑战，同时保留足够的技能灵活性以适应不同战场需求。
